在太一一行人告別數(shù)碼世界后，數(shù)碼世界并沒有就此關閉朝向人類的大門，而數(shù)碼世界的內部卻沒有太平多少時日，就又開始了紛爭。 數(shù)碼世界急需一批被選中的孩子來維護數(shù)碼世界和人類世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生，沒有太多精力和時間能夠和數(shù)碼寶貝們一起并肩作戰(zhàn)，只有阿武和小光成為了新一代的領頭人。被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音